¡Es tiempo de celebrar! Vinculando recursos genéticos a las Colecciones Biológicas Nacionales mexicanas custodiadas por el Instituto de Biología de la Universidad Nacional Autónoma de México
DOI:
https://doi.org/10.22201/ib.20078706e.2024.95.5509Palabras clave:
Metadatos, GenBank, IBdata, Especímenes tipo, Información digitalizadaResumen
El Instituto de Biología de la Universidad Nacional Autónoma de México (IBUNAM) cumple 95 años como institución líder en investigación de la biodiversidad. Además de desarrollar ciencia de frontera, formación de recursos humanos y comunicación pública de la ciencia, el IBUNAM alberga 10 Colecciones Zoológicas Nacionales y el Herbario Nacional de México (MEXU). Los ejemplares depositados en estas colecciones son fundamento de numerosos estudios biológicos, de los cuales se han generado amplios recursos genéticos. Aquí se presenta un primer esfuerzo para vincular los ejemplares depositados en las Colecciones Biológicas Nacionales albergadas en el IBUNAM con sus recursos genéticos públicos, utilizando como prueba de concepto la Colección de Tipos de Plantas Vasculares del MEXU. Primero, se recuperó una lista de especímenes tipo de IBdata, el sistema web que permite consultar los registros de las colecciones biológicas alojadas en el IBUNAM. Luego, se utilizó la interfaz Entrez
Programming Utilities de GenBank para buscar los recursos genéticos disponibles asociados a los especímenes tipo. Se incorporaron nuevos campos a IBdata para facilitar el acceso a los recursos genéticos identificados. Iniciativas futuras deberían promover el acceso a los metadatos públicos (e.g., moleculares, morfológicos) asociados a los especímenes de las colecciones biológicas albergadas en el IBUNAM.
Citas
Chakrabarty, P. (2010). Genetypes: a concept to help integrate molecular phylogenetics and taxonomy. Zootaxa, 2632, 67–68. https://doi.org/10.11646/zootaxa.2632.1.4
Cowell, C., Paton, A., Borrell, J. S., Williams, C., Wilkin, P., Antonelli, A. et al. (2022). Uses and benefits of digital sequence information from plant genetic resources: Lessons learnt from botanical collections. Plants, People, Planet, 4, 33–43. https://doi.org/10.1002/ppp3.10216
Davis, C. C. (2023). The herbarium of the future. Trends in Ecology & Evolution, 38, 412–423. https://doi.org/10.1016/j.tree.2022.11.015
Murguía-Romero, M., Serrano-Estrada, B., Salazar, G. A., Sánchez-González, G. E., Melo-Samper, U., Gernandt, D. S. et al. (2024). The IBdata Web System for Biological Collections: design focused on usability. Biodiversity Informatics, 18, 1–12. https://doi.org/10.17161/bi.v18i.20516
Nicolson, N., Trekels, M., Groom, Q. J., Knapp, S., & Paton, A. J. (2023). Global access to nomenclatural botanical resources: Evaluating open access availability. Plants, People, Planet, 5, 899–907. https://doi.org/10.1002/ppp3.10438
Strijk, J. S., Binh, H. T., Ngoc, N. V., Pereira, J. T., Slik, J. W. F., Sukri, R. S. et al. (2020). Museomics for reconstructing historical floristic exchanges: divergence of stone oaks across Wallacea. Plos One, 15, e0232936. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232936
Thiers, B. M. (2023). The world’s herbaria 2022: a summary report based on data from Index Herbariorum. Retrieved on May 17th, 2024 from https://sweetgum.nybg.org/science/wp-content/uploads/2023/11/The_Worlds_Herbaria_2022.pdf
Wen, J., Harris, A., Ickert-Bond, S. M., Dikow, R., Wurdack, K., & Zimmer, E. A. (2017). Developing integrative systematics in the informatics and genomic era and calling for a global Biodiversity Cyberbank. Journal of Systematics and Evolution, 55, 308–321. https://doi.org/10.1111/jse.12270